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En mayo de 1991 se estableció el Programa Nacional de Aprovechamiento del Atún y Protección de Delfines, una iniciativa en la que colaboran autoridades, el sector industrial, universidades e institutos de investigación.

El principal objetivo del PNAAPD es complementar los esfuerzos desplegados para desarrollar y consolidar la pesquería mexicana del atún, reduciendo al mínimo sus efectos sobre las especies asociadas. Este programa surge como parte de una política orientada a una gestión pesquera integral, promoviendo el uso sostenible de los recursos. Sus acciones incluyen la supervisión de la flota atunera mexicana mediante observadores a bordo, así como la realización de investigaciones científicas y el desarrollo de tecnologías para optimizar la eficiencia en la pesca del atún. Desde 1997 FIDEMAR forma parte del Padrón de Instituciones de Investigación Científica del CONACyT.

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Uno de los activos más importantes de FIDEMAR-PNAAPD es el banco de datos generado a partir de 1992, que cuenta con información de 99 viajes promedio (1992-2024) y 4,448 días promedio (1992-2024) en el Pacifico Oriental; y de 297 viajes promedio (1992-2024) y de 5449 días promedio (1992-2024) en el Golfo de México de embarcaciones atuneras.  

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El PNAAPD tiene dos Sub-programas

​1) El Sub-Programa de Observadores. El principal objetivo es formar profesionistas relacionados con las ciencias del mar para participar como observadores científicos a bordo de las embarcaciones atuneras y recabar información útil para el conocimiento de la pesquería y administración del recurso. También se implementan cursos de actualización de los observadores en activo y se mantiene un control del desempeño de los mismos.

2) El Sub-Programa de Investigación Científica, cuyo propósito principal es realizar estudios sobre el recurso atún, así como reducir los efectos de la pesca en las especies asociadas al atún, especialmente los mamíferos marinos.​​​​​​​​​​

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